开关变压器的设计要从三方面考虑：
1.降低开关变压器的损耗：
1)直流损耗。开关变压器的直流损耗一般是由于线圈的缘故，选择较粗的导线较能提高效率。
2)交流损耗。开关变压器交流损耗是由高频电流的趋肤效应及磁芯的损耗引起的。高频电流通常是从表面流过导线，这样会使导线的有效流通面积减小，并使导线的交流等效阻抗高于铜电阻。高频电流对导线的穿透能力与开关频率的平方根成反比，为减小交流铜阻抗，导线半径不得超过高频电流可达深度的2倍。开关变压器的磁芯损耗也会使得电源转换效率降低。
2.减小开关变压器的漏感：
在设计开关变压器时必须把漏感减至最小，因为漏感越大，产生的尖峰电压幅度越大，漏极钳位电路的损耗就越大，这必然导致电源效率降低。对于一个符合绝缘及安全性标准的开关变压器，其漏感量应为次级开路时初级电感量的1%~3%。要想达到1%以下的指标，在制造工艺上将难以实现。减小漏感时可采取以下措施：
①减小初级绕组的匝数Np; ②增大绕组的宽度; ③增加绕组的高、宽比; ④减小各绕组之间的绝缘层; ⑤增加绕组之间的耦合程度。
3.抑制开关变压器的音频噪声：
①EE或EI型磁芯之间的吸引力能使两个磁芯发生位移;绕组电流相互间的引力或斥力也能使线圈产生偏移。此外，EE或者EI型磁芯受机械振动时能导致周期性的形变。上述因素均会使开关变压器在工作时发出音频噪声，10W以下开关电源的音频噪声频率为10~20KHz。为防止磁芯之间产生相对位移，通常以环氧树脂作为胶合剂，对两个磁芯的3个接触面(含中心柱)进行粘接。但这种刚性连接方式的效果并不理想，因为无法将音频噪声减至最低，况且胶合剂过多，磁芯在受机械应力时还容易折断。国外最近采用了一种特殊的“玻璃珠”胶合剂要粘合EE、EI等类型的铁氧体磁芯，效果甚佳。这种胶合剂是把玻璃珠和胶着物按照1:9的比例配制而成的混合物，它在100摄氏度以上的温度环境中放置1H即可固化。
②为防止开关变压器的泄漏磁场对相邻电路造成干扰，可把一铜片环绕在变压器外部，该屏蔽带相当于短路环，能对泄漏磁场起到抑制作用。屏蔽带使用是应该接地。
